Sim. O espaço em disco utilizado por mensagens armazenadas no servidor é incluído no espaço total utilizado pela sua conta de hospedagem no total, portanto, quanto mais mensagens suas contas de e-mails armazenarem no servidor, mais espaço estará sendo utilizado de sua conta de hospedagem.
Por isso recomendamos que você descarregue as mensagens de sua conta através de um programa de email (Outlook, Outlook Express, Thunderbird, etc) ou delete-as de tempos em tempos acessando seu webmail, evitando assim acumular mensagens antigas em suas contas que ocupam um espaço inútil.